Apel do polskich archeologów... i szybka odpowiedź

Napisałem dziś w grupie Genealogia Genetyczna na Facebooku:

"W Muzeum Archeologiczne w Gdańsku leży sobie w gablocie taki oto książę (*kuningaz?) z Pruszcza Gdańskiego, z kultury wielbarskiej (czyli najpewniej gockiej). 

Dlaczego nikt jeszcze nie zbadał jego DNA, jego Y-DNA, jego autosomów? Przecież zbadanie takich szkieletów (a mogę Wam nawet znaleźć podobne z kultur ciałopalnych, bo np. z kultury łużyckiej też zachowane bywają kości) może pomóc historykom, archeologom... To jest ciągle to moje beznadziejne pytanie o przyczynę, dla której na przykład entuzjaści archeologii i genealogii genetycznej funkcjonują w XXI wieku, testują swoje DNA, dokonują analiz itd., a nasza archeologia tkwi w głębiach XX wieku (badając podstawowe haplogrupy mtDNA albo ogłaszając tryumfy, gdy zbadają podstawową hg. Y-DNA). My chcemy SNP-ków, my chcemy autosomów!"

I szybko otrzymałem krzepiącą odpowiedź. Zacytuję anonimowo fragmenty z korespondencji z polskim naukowcem-genetykiem:

-Panie Ryszardzie, odnośnie ostatniego postu na grupie Genealogia Genetyczna to nie jest to prosta sprawa i mówię to jako genetyk, który na co dzień zajmuje się badaniem próbek tzw. kopalnego DNA. Po pierwsze to takie próbki są badane i to coraz bardziej masowo, sami obrabiamy w tej chwili kolejne z dość szerokiego spektrum czasowego z terenów Polski. Podstawowy problem to brak pieniędzy - takich próbek nie tylko w Polsce, ale w całej Europie są całe kartony tylko, że badania próbek kopalnych są wielokrotnie droższe i bardziej czasochłonne niż próbek współczesnych. Kolejne kwestie to choćby dostęp do próbek, bo on nie zawsze jest. Kawałek kości do nawiercenia który można dostać jest niestety ale niewiele warty...

Tam nie będzie DNA, albo będzie go tak mało, że głębokie sekwencjonowanie takiej próbki stanie się irracjonalne. Nawet zęby to nie najlepszy materiał do dalszych badań, a więc najlepiej kiedy jest możliwość pobrania fragmentu kości skroniowej. Nie dla każdej próbki dostanie się taki materiał, wiec tym bardziej w obliczu takich ograniczeń finansowych nie ma sensu badać próbek z kości długich. (...)

-Ja mam tylko po prostu wrażenie, że te nasze badania są na poziomie z lat 90. XX w. Czyli że bada się mtDNA i ogłasza się jaki to wielki sukces.

-Nie nie, to złudzenie. Protokoły izolacji, robienia bibliotek i dalszej obróbki próbek stosowane w głównych laboratoriach zajmujących się badaniem kopalnego DNA (a to nie tylko ludzkie próbki) oparte są o te same wytyczne i każda innowacja dość szybko jest wdrażana. Próbka idzie na wstępne sekwencjonowanie - z niego można odczytać, ile w próbce jest endogennego DNA. Jeśli dużo to taką próbkę sekwencjonuje się głębiej, zazwyczaj do uzyskania pokrycia genomu w okolicach x1. Dodatkowo przeprowadza się badania pozwalające uzyskać dodatkowo odczyty z chromosomu Y pod kątem poszukiwanych SNP. Pamiętajmy jednak o tym, że dzisiaj publikowane wyniki to często badania sprzed wielu lat, kiedy to wszystko dopiero raczkowało.

Co do badań próbek kopalnych z terenu Polski, to dzieje się sporo. W tej chwili przy różnych projektach są badane różne próbki z szerokiego spektrum czasowego od neolitu poczynając. Sporo to wyjaśni w kontekście ludów oraz migracji jakie przez te ziemię przeszły. Z pewnością w najbliższych latach możemy liczyć na genomy oraz dodatkowo interesujące, a przede wszystkim głębokie wyniki pod kątem chromosomu Y naszych lokalnych próbek kopalnych. Niestety od uzyskania pierwszych wyników do ich publikacji mija zazwyczaj sporo czasu. (...)